Universiti Sains Malaysia telah dianugerahkan Status Swaakreditasi (Self-Accreditation) pada 29 April 2010 selepas penilaian oleh Agensi Kelayakan Malaysia (Malaysian Qualifications Agency, MQA) melalui Audit Prestasi Akademik (APA)/ Swaakreditasi/ Audit Institusi pada 8-12 Mac 2010. Audit Institusi ini merupakan audit luaran yang dijalankan oleh Panel Auditor MQA yang menilai laporan kendiri (Self-Review Report) dan melawat insitusi bagi menentusahkan maklumat yang telah dikemukakan oleh Pemberi Pendidikan Tinggi (Higher Education Provider, HEP), dan seterusnya mengemukakan laporan akhir kepada MQA.

Susulan daripada penilaian tersebut, pihak MQA mencadangkan penubuhan sebuah Pusat Jaminan Kualiti yang menyeluruh dengan rangka kerja yang jelas dalam aspek pentadbiran dan kualiti program akademik. Penubuhan pusat ini dicadangkan di bawah Pejabat Naib Canselor, selaras dengan konteks pelaksanaan sebuah Universiti APEX yang berkualiti.

Pusat Kualiti Universiti (PKU), USM ditubuhkan pada April 2010 di bawah Pejabat Timbalan Naib Canselor, Bahagian Hal Ehwal Akademik & Antarabangsa dan tertumpu kepada aspek jaminan kualiti program akademik. Jawatankuasa Kualiti Program Akademik (JKPA) turut ditubuhkan pada Mei 2010 untuk membantu PKU menjalankan tugas-tugasnya. PKU mula beroperasi di Pejabat Antarabangsa, Bangunan C09 dan diketuai oleh Pengurus Kualiti, yang kemudiannya digantikan dengan Pengarah pada Januari 2013. Mulai Jun 2015, PKU beroperasi di Bangunan Canselori II. Pada penghujung 2018, PKU dijenamakan kepada Pusat Kualiti Akademik Universiti (PKA).