Universiti Sains Malaysia telah dianugerahkan Status Swaakreditasi pada 29 April 2010 susulan penilaian oleh Agensi Kelayakan Malaysia (Malaysian Qualifications Agency, MQA) melalui Audit Prestasi Akademik (Academic Performance Audit, APA) / Audit Institusi yang telah dilaksanakan pada 8 hingga 12 Mac 2010.

Audit Institusi ini merupakan penilaian luaran yang dijalankan oleh Panel Auditor MQA, yang menilai Laporan Penilaian Kendiri (Self-Review Report) serta menjalankan lawatan tapak bagi mengesahkan maklumat yang dikemukakan oleh Pemberi Pendidikan Tinggi (PPT). Panel tersebut seterusnya mengemukakan laporan akhir kepada MQA.

Hasil daripada penilaian tersebut, MQA telah mencadangkan penubuhan sebuah Pusat Kualiti yang komprehensif dengan kerangka pentadbiran yang jelas serta memberi penekanan khusus terhadap kualiti program akademik. Inisiatif ini selaras dengan aspirasi universiti untuk melaksanakan dan mengekalkan status Universiti APEX di bawah Pejabat Naib Canselor.

Pusat Kualiti Universiti (PKU) telah ditubuhkan pada April 2010 di bawah Pejabat Timbalan Naib Canselor (Akademik dan Antarabangsa) bagi menyelia dan memperkukuh jaminan kualiti program akademik. Pada Mei 2010, Jawatankuasa Kualiti Program Akademik (JKPA) turut ditubuhkan bagi menyokong PKU dalam melaksanakan fungsinya.

Pada peringkat awal, PKU beroperasi di Pejabat Antarabangsa, Bangunan C09, dan diketuai oleh seorang Pengurus Kualiti. Pada Januari 2013, struktur kepimpinan telah disemak semula dan jawatan tersebut dinaik taraf kepada Pengarah. Pada Jun 2015, PKU telah berpindah ke Bangunan Canselori II.

Pada penghujung tahun 2018, PKU dijenamakan semula sebagai Pusat Kualiti Akademik Universiti (PKA), mencerminkan peluasan peranan serta komitmen berterusan terhadap kecemerlangan akademik.